Un problema aún no resuelto en la formación de la competencia investigativa es cómo desarrollar el pensamiento científico en el futuro investigador, pues se requiere de procedimientos, estrategias y métodos que orienten el proceso de generación del conocimiento. Así, el propósito de este artículo teórico fue concebir una forma de desarrollar el pensamiento científico mediante el método de comprensión reflexiva del conocimiento de John Dewey. El estudio teórico interpretativo-propositivo se complementó con una encuesta aplicada a estudiantes universitarios, quienes manifestaron la eficacia del método Dewey en la formación del pensamiento científico. En los resultados y discusión se explican las cinco fases del pensamiento reflexivo de Dewey: Reconocimiento del problema, establecimiento de hipótesis provisionales, investigación de la situación actual del problema, revisión de hipótesis y prueba de hipótesis. Asimismo, se analizaron las etapas para desarrollar ideas: la de comprensión, de predicción y de análisis. Se concluyó que los estudiantes conseguirán desarrollar de forma efectiva el pensamiento científico, si son educados sistemáticamente en las fases y etapas de la comprensión reflexiva del conocimiento de Dewey.