El trabajo se enfocó en la identificación y descripción de los organismos bioindicadores presentes en lodos activados, del las Plantas tratamiento de aguas residuales industriales (PTARI). El conocimiento de los organismos bioindicadores brinda importantes informaciones sobre el rendimiento y las condiciones de operación de una PTARI, y orienta hacia las posibles causas de los problemas cuando estos se presentan. Para tal efecto se analizaron muestras de lodos activados procedentes de dos tipos de plantas piloto, cinco plantas tipo “SBR”, (Reactor por lotes secuencial), y una del tipo convencional, con recirculado de lodos, plantas utilizadas normalmente para estudios de biodegradación de efluentes industriales en la empresa FABRIPAR SA, también se analizaron muestras provenientes de plantas de tratamiento de efluentes industriales instaladas en la industria láctea, frigorífica, recicladora de papel y farmacéuticas ubicadas en el gran Asunción y otras ciudades del interior de Paraguay. En total se analizaron 160 muestras de las plantas piloto y 28 de las PTARI. Se identifican a nivel de género o especie 43 protozoos, 9 rotíferos, 3 nematodos, 1, ácaro,2 anélidos y 7 bacterias. Se realizaron comparaciones entre la variación de las poblaciones de protozoos, rotíferos y nematodos a lo largo del estudio en una de las plantas seleccionadas.