Las áreas de endemismo son las unidades básicas para el análisis de la Biogeografía histórica, además de representar áreas de importancia para la conservación. Se entiende por área de endemismo a la superposición de las áreas de distribución de dos o más especies, las mismas son consideradas homologías biogeográficas primarias, es decir, presume sobre una historia biogeográfica común entre los taxones que comparten dichas áreas, El objetivo del presente trabajo fue el establecimiento de patrones biogeográficos del Paraguay a través del análisis e identificación de áreas de endemismos de la biodiversidad existente en el territorio, para ello se se empleó una matriz compuesta por 8117 registros de 300 especies, incluyendo 100 especies de Plantae, 50 especies de Insecta, 50 especies de Anfibia, 50 especies de Reptilia y 50 especies de Aves, que fueron analizados en conjunto, a través del método de Análisis de Endemicidad con celdas de 0,3, 0,4 y 0.5 grados de latitud y longitud y a través del método de Interpolación Geográfica de Endemismos. Se ha logrado identificar a través del método de análisis de endemicidad 156 áreas de endemismos, resumidas en 29 áreas de consenso, 4 en el Chaco y 25 en la Región Oriental. A través del método de interpolación geográfica de endemismos, se obtuvo 3 áreas de endemismos, 2 en el Chaco y uno en la Región Oriental, estableciéndose de esta forma patrones biogeográficos en todo el territorio del Paraguay. Mediante la comparación de las áreas de endemismos encontradas, con las diferentes hipótesis biogeográficas publicadas y los sitios protegidos del Paraguay, se logró identificar y proponer 3 áreas prioritarias de conservación basados en la riqueza endémica de su biota a saber, la ecorregión del pantanal ubicada en el extremo Noreste del Chaco, el Chaco central y la cordillera de los Altos. Palabras claves: Biodiversidad, Áreas de endemismo, Ecorregiones, Biogeografía, Análisis de endemicidad, Interpolación geográfica de endemismos.