Este artículo describe y reflexiona sobre los métodos seleccionados para el desarrollo de una investigación cualitativa que explora los conflictos escolares que afectan a la diversidad sexual y las percepciones de docentes y estudiantes —sean o no LGBT+— relativas a la sexualidad en cuatro escuelas medias de Santa Fe. En primer lugar, se presentan los objetivos de la investigación y el método de estudio de caso. Se piensa al caso como un sistema con límites. La versatilidad de este método permite analizar en simultáneo una multiplicidad de planos sociales superpuestos. Esto resulta ideal para observar la escuela. En segundo lugar, se reflexiona sobre las potencialidades de la etnografía para fortalecer el diseño metodológico. Durante el desarrollo del trabajo de campo, se descubre que la historia personal del investigador —determinada por su orientación sexual— con la institución escolar puede oficiar como una motivación, pero también como límite. Razón por la cual se decide incorporar dos acepciones de etnografía propuestas por Rosana Guber (etnografía como enfoque y como método) haciendo hincapié en la importancia de la noción de reflexividad para el trabajo de campo