A partir del embate a la autonomía que ha sufrido la Universidad en Brasil, este artículo intenta recuperar algunas reflexiones sobre la autonomía universitaria. Como introducción, se presenta un esbozo sobre el debate en Argentina y su contribución para seguir pensando el concepto en la actualidad; luego, se detalla la relativa autonomía universitaria en Brasil. Por último, se exponen algunos enfoques en torno a la misma: la recuperación de su origen histórico, su definición y el aporte de la reforma argentina del ?18. El análisis desde un enfoque descriptivo, comparativo y propositivo se presenta a partir de la recuperación de textos canónicos para la orientación de un modelo de Universidad en el actual contexto latinoamericano. Se concluye que el legado de la autonomía universitaria debe ser enarbolado en pos de la constitución de una universidad libre y crítica, y que permita formular un modelo de producción de conocimiento que luche frente al avance neoliberal actual en la región latinoamericana.