Este artículo se propone discutir el papel de la ciencia, la tecnología y la innovación (CTI) en la región haciendo un estudio de caso de la producción de vacunas en Argentina y Brasil teniendo en cuenta el contexto de la biotecnología Latinoamericana. El artículo presentará datos sobre la asimetría en ciencia, tecnología e innovación en el MERCOSUR y comparando la región con las mayores potencias tecnológicas contemporáneas Estados Unidos y China. Se analiza la dependencia tecnológica en el marco de la pandemia de COVID-19 en la región y desarrollará los casos de Argentina y Brasil en la producción de vacunas. Finalmente, se propone la necesidad de avanzar con la implementación de una Agencia Regulatoria de Medicamentos del MERCOSUR procurando la soberanía sanitaria para facilitar la producción de medicamentos, insumos médicos y vacunas en la región.