El deterioro ambiental de un país megadiverso como México no sólo implica la pérdida de la biodiversidad, sino que incluye suelos, captura de agua, recursos genéticos, contaminación química y biológica de regiones completas, lo que afecta los servicios ambientales básicos para la sobrevivencia de la población de nuestro país. En este momento, son enormes las amenazas de perder esta riqueza indígena, nacional y mundial de la humanidad. El país no se ha preparado para tal reto. Los orígenes multicausales del deterioro ambiental nos plantean la necesidad de buscar nuevos instrumentos para enfrentar esta severa crisis. Para contribuir a este desafío, se reevalúa la importancia de los pueblos indígenas como sujetos activos y estratégicos en la implementación de políticas de manejo y conservación in situ de la biodiversidad y agrodiversidad. Se concluye con criterios para repensar las políticas territoriales por parte de los pueblos indígenas y sus organizaciones, así como las políticas públicas dirigidas desde el Estado.