La crisis del café en México persiste en la actualidad y fue inaugurado con la liberación del mercado del café tras la ruptura de acuerdos con la OIC y las heladas inesperadas de 1989, acciones que sumaron al final de un estado interventor a nivel nacional. Desde entonces, el sector ha venido reestructurándose en dos vías, una centrada en la producción de café de forma convencional que opta por la alta productividad y la otra, se enfoca en la experiencia de organizaciones cafetaleras que apostaron por el café biodiverso enfocado a mayor calidad como generadora de valor. El objetivo radica en analizar y comparar la experiencia de dos organizaciones cafetaleras exitosas a nivel nacional en relación con programas gubernamentales de apoyo al cultivo, abordado desde una perspectiva histórica, basada en fuentes documentales y estadísticas. Dentro de las variables: además de aspectos organizacionales, se abordan innovaciones y conocimiento tradicional como estrategias para agregar valor y calidad tanto al café como a la vida de los productores, bajo un enfoque prospectivo de sostenibilidad y resiliencia, ante eventos económicos, sociales y naturales como el cambio climático. Los resultados sintetizan las fortalezas de ambos proyectos, generando una propuesta para reorganizar y fortalecer al sector del café mexicano.